12.000 tahun yang lalu di dunia ini ada kisah tentang Apollon dan Sylvie yang sekarang telah menjadi cerita anak-anak disebut “Langit Aquaria”. Para “penculik” penyerbu dari Altea datang ke Bumi dengan hanya satu tujuan, mereka menyerang untuk memanen manusia. DEAVA Academy Aquaria ada untuk melatih pria dan wanita untuk menggunakan Aquaria, tetapi mereka tidak pernah bisa menggabungkan karena batu Guize, Batu ini memblok penggabungan antara jenis kelamin yang berbeda yaitu Pria dan Wanita. Cerita berikut tentang Amata dan Mikono, yang berhasil melakukan penggambungan campuran (antara wanita dan pria) dan menghasilkan Aquaria versi baru yaitu AQUARION. Dan Akhirnya Kisah 12.000 tahun yang lalu terjadi kembali.