Overlord bercerita tentang Momonga yang tak bisa log out dari Yggdrasil, sebuah game online populer yang telah memasuki masa penutupan. Di dalam game tersebut Momonga berperan sebagai sosok petinggi sebuah guild bernama Ains Ooal Gown yang memiliki markas bernama Makam Besar Nazarick. Statusnya dalam dunia game saat ini, ia menjadi seorang penyihir terkuat di dunia. Namun setelah penutupan game dan dia tak bisa log out, dunia menjadi aneh dan tak seperti sebelumnya, pertama para NPC di Nazarick tiba-tiba memiliki emosi/perasaan dan semua NPC tersebut tunduk pada Momonga. Ains dan pasukannya di Nazarick mulai menyelidiki dunia, untuk mengetahui apa yang sebenarnya terjadi, dan pada musim kali ini mereka akan mencoba menaklukan para Lizardmen, dan cerita juga akan berfokus pada konflik yang terjadi antar negara-negara dalam dunia tersebut.